Leipziger Teilung
Im Jahre 1485 wurden in der sogenannten Leipziger Teilung die sächsischen Territorien zwischen den beiden wettinischen Brüdern Kurfürst Ernst und Herzog Albrecht in Gebiete mit jeweils getrennter und gemeinsamer Zuständigkeit untergliedert. Es entwickelte sich hieraus auch eine dynastische Teilung des Hauses Wettin in die ernestinische und die albertinische Linie. Die Albertiner (nach Herzog Albrecht benannt) blieben territorial im heutigen Sachsen beheimatet und residierten von nun an in Dresden. Die ernestinische Linie (nach Kurfüst Ernst benannt) verlegte ihren Schwerpunkt ins heutige Thüringen.
Diese Leipziger Teilung stellte einen großen Einschnitt in der sächsischen Territorialgeschichte dar. Obwohl nicht als Dauerzustand geplant, gab es keine nennenswerten Versuche, die Teilung später rückgängig zu machen. Mittel- und langfristig wurde die mächtige Stellung des Kurfürstentums Sachsen im Deutschen Reich erheblich geschwächt.
Bereits die Ereignisse der Reformationszeit führten bei den Söhnen aus beiden Linien zu deutlichen Meinungsunterschieden in Fragen der Religionspolitik. Die Generation der Enkel trug sogar mit Waffengewalt die Machtfrage über die Vorrangstellung unter den Wettinern aus.
Schmalkaldischer Krieg
Die Jahre 1546 und 1547 waren geprägt vom sogenannten Schmalkaldischen Krieg. Es standen sich Kaiser Karl V. und der Schmalkaldische Bund, ein Zusammenschluss evangelischer und antihabsburgischer Reichsstände gegenüber. Der Albertiner Herzog Moritz von Sachsen schlug sich hierbei auf die kaiserliche Seite, stand also gegen den protestantischen Fürstenbund und seinen ernestinischen Kurfürsten und Vettern zweiten Grades. Das Ziel von Moritz war eine Korrektur der Leipziger Teilung zugunsten der Albertiner.
In der Schlacht bei Mühlberg (1547) wurde der Schmalkaldische Bund besiegt und zum Friedensschluss gezwungen. Moritz erhielt die sächsische Kurwürde mitsamt umfangreicher Territorien aus bisher ernestinischen Bestand übertragen. Das albertinische Sachsen behielt seit dieser Zeit den Status des Kurfürstentums.
Als 1608 ein neues Bündnis der evangelischen Reichsstände - die Union - gegründet wurde, verweigerte das albertinische Sachsen auch diesmal die Mitwirkung. Vielmehr tendierte es zur Unterstützung der 1609 gegründeten katholischen Liga, ein Ausdruck fortgesetzter kaisertreuer Politik.
30-jähriger Krieg
Nach dem Beginn des 30-jährigen Krieges, in den Jahren 1619 und 1620, unterstützte das sächsische Kurfürstentum aktiv die Partei der Habsburger gegen Böhmen und besetzte im Herbst 1620 Schlesien und die beiden Lausitzen. Die beiden Lausitzen erhielt Sachsen anschließend zum Pfand. Im Jahre 1635 wurden die Lausitzen fest als sächsische Landesteile etabliert, wobei allerdings vielfache Sonderrechte insbesondere hinsichtlich Konfession und Selbständigkeit des Sechsstädtebundes bestehen blieben.