Die Europäische Wirtschaftsgemeinschaft (EWG) erwies sich rasch als großer wirtschaftlicher Erfolg. Die späten 50er und frühen 60er Jahre waren geprägt von einem starken Wirtschaftswachstum, das zu einer optimistischen Aufbruchstimmung in Westeuropa führte. Bis 1962 waren die ersten großen Schritte zu einer gemeinsamen Agrarpolitik der Mitgliedstaaten getan, damit wurde der Grundstein zu einem der bis heute bedeutendsten Arbeitsfelder der Gemeinschaft gelegt.
Von großer Bedeutsamkeit für die damals noch kleine Gruppe von Staaten, die durch die europäischen Verträge verbunden waren, wurde der 1958 ernannte neue französische Staatspräsident Charles de Gaulle. Er hat bis zu seinem Ausscheiden aus dem Amt im Jahr 1969 die Geschicke Europas in maßgeblicher Weise geprägt. De Gaulles Europakonzeption lässt sich stark vereinfachend als „Europa der Vaterländer“ charakterisieren; er wandte sich gegen die Vergemeinschaftung von Politikbereichen auf supranationaler Ebene und plädierte stattdessen für die Zusammenarbeit souveräner Nationalstaaten auf europäischer Ebene, wobei Frankreich eine zentrale Rolle zukommen sollte. 1960 versuchte de Gaulle seine Vorstellungen von Europa in Form einer Europäischen Politischen Union durchzusetzen, auf seinen Druck hin wurden die laufenden Verhandlungen über eine Freihandelszone abgebrochen, einer weiteren Integration widersetzte er sich durch ein zweimaliges Veto gegen den Beitritt Großbritanniens.
Einen Rückschlag erlitt die Integrationspolitik auch durch die „Politik des leeren Stuhles“, die von Frankreich ab der zweiten Hälfte des Jahres 1965 betrieben wurde. Das Land widersetzte sich dem Versuch, Mehrheitsentscheidungen im Ministerrat einzuführen, indem es den europäischen Gremien fern blieb. Das Problem wurde im Jahr 1966 durch den sog. „Luxemburger Kompromiss“ gelöst. Er sieht in einigen Bereichen künftig Entscheidungen mit qualifizierter Mehrheit vor, jedes Land kann jedoch, wenn seine vitalen Interessen berührt sind, sein Veto einlegen. Dies hat die Entscheidungsfähigkeit der Gemeinschaft für sehr lange Zeit erheblich eingeschränkt.
Bis 1967 existierten die drei Gemeinschaften EGKS, EWG und Euratom mit ihren jeweiligen Entscheidungsorganen nebeneinander. Mit der Gründung der Europäischen Gemeinschaft (EG) wurden schließlich die Organe der Teilgemeinschaften Rat, Kommission, Parlament und Europäischer Gerichtshof zusammengeschlossen und damit die Entscheidungsstruktur der Gemeinschaft insgesamt effektiver gestaltet. Ab diesem Zeitpunkt spricht man auch offiziell von der Europäischen Gemeinschaft.
Dies darf jedoch nicht darüber hinweg täuschen, dass sich die Gemeinschaft nach dem Abtreten de Gaulles in einer tiefen Krise befand, nationale Interessen drohten das Einigungswerk zunichte zu machen.